《商君书》中本应有二十六篇独立的文章，这些文章论述的是不同内容的商鞅的思想言论，他对于国家变革各个方面的看法，可以说，当时秦国实行的商鞅变法的指导思想、政治措施等，全都体现在《商君书》里，这也是这本书意义重大的原因。只是现如今而且历经历史的流传，《商君书》已经是残缺不全，有的缺了一整篇，有的是一篇文章里面缺了一些段落，而且还有不同的版本，都不尽相同。

之所以秦国能够成为战国时期最后的赢家，商鞅居功至伟，如果没有他的变法改革，我们完全不知道秦国将会发展成什么样子，究竟还能不能像历史上那样完成统一，建立起一个全新的而且是统一的中央集权的国家。商鞅对当时的局势怎么看怎么想，又是这么去做，如何针对秦国实施政策，都记录在《商君书》里面，可以说这不仅是一部研究商鞅变法的书，还是一部研究战国历史、秦国历史的非常重要的书。

但尽管如此，有关《商君书》的争议却一直都没有停止。首先，有人认为《商君书》本身就是一部伪书，是有人假托商鞅之名写出来的，并不是商鞅本人所写，也有人认为这就是商鞅所写，或者是将商鞅留下来的文章与其他法家文章编在一起，也就是说《商君书》可能不是商鞅一个人写的，可能有很多人，也可能历经了很多时代，最后成了一本合集。结合一些史料来看，认为作者是商鞅及其他人的可能性是最合理的。

商鞅辅佐秦孝公进行变法，而历史上没有一个变法是一路高歌的，变法意味着改变之前的一些条例规定，这必然会对之前很多因此受益的人造成损失，其实不仅仅是那些贵族们，秦国整个国家的人都因此受益，毕竟国家强大了，而且他们也能依靠军功给自己挣一个爵位，但是变法也有不利的一面，这种办法只适合战国时期那个背景，是一时之法，能够让秦国迅速强大崛起，但却不能一直都用这种办法，尤其是统一之后。

《商君书》之所以被列为禁书的原因也正在于此。试想，任何一个统一王朝的皇帝，谁愿意自己治下的臣民不听话，总是去琢磨一些如何壮大自己势力建立国家的办法，而不是安守本分当好自己的臣子、平民?《商君书》正是因为有理论也有实践，一看就懂，万一落进一个心怀不轨的人手里，那还得了?所以，为了维持自己的统治，历朝历代都把《商君书》列为禁书，臣民“愚钝”“奴性”，这才是统治者最希望看到的。

所以，《商君书》基本上就是只有皇帝才能接触到的书，正所谓“外儒内法”，书本身没有问题，是正是邪是好是坏，全都在看书人的思想和作为里，要禁止还是要开放，也都与当时的环境和统治者的思想有很大的关系。